شيده أحمد بن طولون (323-358 هـ / 935-969 م) الوالي العباسي على مصر، بدأ البناء في عام 263هـ/ 876 م وانتهت عمارته فى عام 266هـ/ 879 م، يقع على قمة جبل يَشكر، ويعتبر الجامع الرئيسي لمدينة القطائع العاصمة الجديدة التي أتخذها أحمد بن طولون مقراً للحكم، والذى يعد خطوة أخرى لتأكيد إستقلالية أحمد بن طولون بمصر عن الخلافة العباسية.
وأهم مايميز الجامع مئذنته التي تعكس طراز مسجد العبّاس في سامراء(العراق)، على الرغم من أن تاريخ بنائها محل خلاف حيث يشير البعض أنها أضيفت إلى البناء فى وقت لاحق، كما تحتوي العقود والنوافذ المطلة على صحن الجامع على زخارف جصية هندسية ونباتية، تقع النافورة (الميضأه) المخصصة للوضوء في منتصف صحن الجامع وتعلوها قبة مرتكزة على أعمدة رخامية، وبداخل الجامع يوجد ستة محاريب " مكان بجدار الجامع يميز إتجاه القبلة وهو موجه للكعبه المشرفة بمكة وجهة المسلمون أثناء الصلاة"، ويتميز المحراب الرئيسي للمسجد بأنه مجوف ذو زخارف غاية في الروعة.
أضيفت العديد من المنازل في فترة العصور الوسطي إلى خارج الجامع بعضها ملاصق لجدران الجامع مباشرة، وقد تم إزالتها في القرن العشرين فيما عدا بيت الكريتلية وآمنة بنت سالم(متحف جاير أندرسون حالياً)، ولذلك تم بناء مساحة محاطة بسور تفصل الجامع عن العالم الخارجي، ويطلق عليها "زيادة". وحالياً يحتفظ الجامع بتخطيطه الأصلي ولكن نادراً ما يستخدم في صلاة الجماعة.