La mosquée Al-Aqmar est située dans la rue al-Mu'izz et a été commandée par le calife fatimide al-‘Amir bi-Ahkam Allah en 519 AH / 1125 après JC. La construction de la mosquée a été supervisée par le vizir al-Ma'mun al-Bata'ihi, et elle a été renouvelée sous le règne du sultan Barquq en 799 AH / 1397 après JC sous la supervision du gouverneur Yalbugha al-Salmi.   La façade principale de la mosquée est actuellement la plus ancienne façade en pierre qui subsiste. Son architecture se caractérise par ses sculptures en pierre complexes et la répétition de l'expression « Muhammad et Ali », en plus des versets coraniques écrits en écriture coufique. L'ingéniosité de l'ingénieur se manifeste surtout dans sa capacité à orienter la façade vers la rue, tout en maintenant la direction de la prière à l'intérieur de la mosquée.   Lorsque le musée copte a été construit au XXe siècle, sa façade était influencée par l'architecture de la mosquée al-Aqmar, mais avec des versets bibliques et une iconographie chrétienne. La mosquée se compose d'une cour ouverte en son centre entourée de quatre riwaqs (arcades) surmontées de dômes peu profonds, dont le plus grand marque la qibla, la direction de la prière. Une inscription au-dessus du mihrab (une niche dans le mur d'une mosquée marquant la qibla) relate les rénovations entreprises par Yalbugha al-Salmi.